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相關(guān)性熱圖 (ggcorrplot包)

2020-12-28 10:24
科研菌
關(guān)注

ggcorrplot包是基于ggplot2的擴(kuò)展包,主要針對相關(guān)系數(shù)輸出的結(jié)果進(jìn)行可視化, 同時計(jì)算相關(guān)性p-value,可以實(shí)現(xiàn)選擇顏色,文本標(biāo)簽,顏色標(biāo)簽,布局等的操作。

相關(guān)系數(shù)的值在 -1~1之間,1表示強(qiáng)正相關(guān),0不相關(guān)。

相關(guān)圖是基于相關(guān)系數(shù)矩陣?yán)L制的圖,如果是橢圓:則橢圓的色相對應(yīng)相關(guān)性的正負(fù),顏色深淺對應(yīng)相關(guān)性絕對值大小,越深則絕對值越大。橢圓的形狀對應(yīng)相關(guān)性絕對值大小,默認(rèn)越扁,則相關(guān)性絕對值越大。如果是圓,則圓的面積對應(yīng)相關(guān)性大小,如果是扇形,則扇形的弧度對應(yīng)相關(guān)性大小。

安裝加載install.packages("ggcorrplot")library(ggplot2)library(ggcorrplot)

加載ggcorrplot前需先加載ggplot包,否則無法運(yùn)行!

相關(guān)參數(shù)參數(shù)用法method指定可視化的形狀,可以是circle圓形,square方形(默認(rèn))。type指定顯示范圍,可以是full完全(默認(rèn)),lower下三角,upper上三角ggthemeggplot2函數(shù)或主題對象。默認(rèn)值為“theme_minimal”。允許的值是官方的ggplot2主題,包括theme_gray、theme_bw、theme_minimal、theme_classic、theme_void…。title圖片標(biāo)題show.legend邏輯,如果為真,則顯示圖例legend.title圖例標(biāo)題show.diag是否在主對角線上顯示相關(guān)系數(shù)colors低、中、高相關(guān)值的3種顏色的向量outline.color正方形或圓形的輪廓顏色。默認(rèn)值為“灰色”。hc.order邏輯值。如果為真,則使用hclust函數(shù)對相關(guān)矩陣進(jìn)行排序。hc.method是否為相關(guān)系數(shù)繪圖,默認(rèn)為TRUE,F(xiàn)ALSE則可將其它數(shù)字矩陣進(jìn)行可視化。lab邏輯值。如果為真,則在繪圖上添加相關(guān)系數(shù)。lab_col相關(guān)系數(shù)標(biāo)簽的顏色lab_size相關(guān)系數(shù)標(biāo)簽的大小pch在不顯著相關(guān)系數(shù)的圖示符上添加字符(僅當(dāng)insig為“pch”時有效)。默認(rèn)值為4。tl.cex文本標(biāo)簽的大小tl.col文本標(biāo)簽的顏色tl.srt文本標(biāo)簽字符串旋轉(zhuǎn)digits決定要顯示的小數(shù)位數(shù)(默認(rèn)值:“2”)

請參閱help(ggcorrplot2)幫助文檔

示例

本文以R內(nèi)置的mtcars數(shù)據(jù)集為例

ggcorrplot(cor(mtcars)#改變可視化形狀ggcorrplot(corr, method = "circle")

#顯示圓形的輪廓ggcorrplot(corr, method = "circle",outline.color = "red")

#旋轉(zhuǎn)文本字符串ggcorrplot(corr, method = "circle",outline.color = "red",tl.srt = TRUE)

?刂凭仃囆螤 下三角形ggcorrplot(corr,method = "circle", hc.order = TRUE, type = "lower")

#上三角形ggcorrplot(corr,method = "circle", hc.order = TRUE, type = "upper")

#更改顏色以及主題ggcorrplot(corr, hc.order = TRUE, type = "lower", outline.color = "white",ggtheme = ggplot2::theme_gray, colors = c("#6D9EC1", "white", "#E46726"))

#添加相關(guān)系數(shù)ggcorrplot(corr, hc.order = TRUE, type = "lower", lab = TRUE)

#顯示對角線上相關(guān)系數(shù)ggcorrplot(corr, show.diag = TRUE, type = "lower", lab = TRUE)

#增加顯著性水平,不顯著的話就不添加了ggcorrplot(corr, hc.order = TRUE, type = "lower", p.mat = p.mat)

#將不顯著的色塊設(shè)置成空白ggcorrplot(corr, p.mat = p.mat, hc.order=TRUE, type = "lower", insig = "blank")

#低于p值為空ggcorrplot(corr, hc.order = TRUE,type="full",colors=c("cyan","white","magenta"),tl.cex = 10,tl.col = "blue",digits = 1,ggtheme=theme_bw())

在此僅列出部分示例圖,大家可以更改參數(shù)在R中實(shí)現(xiàn).

小結(jié)

1.ggcorrplot包是用于對相關(guān)矩陣重排序以及在相關(guān)圖中展示顯著性水平的方法。

2.另外一個可用展示相關(guān)系數(shù)的就是corrplot包了,相對于ggcorrplot包擁有更豐富的參數(shù),更直觀地展示統(tǒng)計(jì)結(jié)果,例如method參數(shù),ggcorrplot可以是circle圓形,square方形(默認(rèn)),而corrplot包,指定可視化的形狀,可以是circle圓形(默認(rèn)),square方形,ellipse, 橢圓形,number數(shù)值,shade陰影,color顏色,pie餅圖,展現(xiàn)形式更為豐富。corrplot包中有一些在ggcorrplot包中無法實(shí)現(xiàn)的參數(shù),如addCoefasPercent、hclust.method等,具體可參照公眾號corrplot包的介紹。

3.ggcorrplot包作為ggplot2的擴(kuò)展包,使用前需先加載ggplot2包,可以實(shí)現(xiàn)ggplot2的強(qiáng)大繪圖功能,如還需展現(xiàn)其他非相關(guān)系數(shù)結(jié)果就更方便了,大家可以根據(jù)自己的習(xí)慣及數(shù)據(jù)需求選擇自己合適的包進(jìn)行數(shù)據(jù)展示。

聲明: 本文由入駐維科號的作者撰寫,觀點(diǎn)僅代表作者本人,不代表OFweek立場。如有侵權(quán)或其他問題,請聯(lián)系舉報。

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