大家好，今天茶葉蛋和大家分享的是一篇13＋分的學(xué)習(xí)筆記。

題目：腫瘤浸潤(rùn)淋巴細(xì)胞signature可作為一種新的抗PD－1／PD－L1療效的泛癌預(yù)測(cè)生物標(biāo)志物

一、研究背景

免疫治療的迅速發(fā)展為廣大癌癥患者帶來(lái)了福音，但目前被廣泛用于預(yù)測(cè)免疫治療療效的方法仍然只有基于PD－L1的免疫組化評(píng)估，在目前的臨床應(yīng)用中還遠(yuǎn)遠(yuǎn)不夠。在本篇學(xué)習(xí)筆記中提出了一個(gè)包括40個(gè)基因的腫瘤浸潤(rùn)淋巴細(xì)胞（TIL）signature評(píng)分，希望通過(guò)深入探究TIL評(píng)分以及其中包含的淋系和髓系評(píng)分在各類(lèi)癌癥中的特征以及預(yù)后預(yù)測(cè)性能，為免疫治療相關(guān)分子標(biāo)記的進(jìn)一步的研究奠定基礎(chǔ)。

二、研究流程

三、結(jié)果解析

1．泛癌TCGA隊(duì)列中TIL以及淋系、髓系評(píng)分的特征

在本文中，TIL評(píng)分由4個(gè)10－gene signature組合而成，這4個(gè)signature分別被用作評(píng)估淋系、髓系、基質(zhì)和腫瘤細(xì)胞含量。根據(jù)腫瘤類(lèi)型的不同，TIL評(píng)分為淋系＋髓系兩項(xiàng)評(píng)分的組合或上述四項(xiàng)的組合。計(jì)算了TCGA泛癌隊(duì)列中32種癌癥類(lèi)型的8975例患者的TIL評(píng)分之后，可發(fā)現(xiàn)評(píng)分在不同腫瘤類(lèi)型之間存在差異（圖1A），而單獨(dú)對(duì)患者使用淋系評(píng)分（圖1B）和髓系評(píng)分（圖1C）的結(jié)果也顯現(xiàn)出各自不同的分布情況。

隨后，對(duì)TIL評(píng)分、淋系評(píng)分和髓系評(píng)分之間的相關(guān)性進(jìn)行探索（圖1D）。因?yàn)門(mén)CGA泛癌數(shù)據(jù)集還包含了代表性的HE染色圖像，使用人工智能軟件基于這些圖像對(duì)13種癌癥類(lèi)型的3304例患者的TIL進(jìn)行了量化分析并將分析結(jié)果納入相關(guān)分析中。另外，還納入了TCGA中的另一個(gè)經(jīng)典評(píng)估變量——基于甲基化情況計(jì)算的白細(xì)胞評(píng)分。上述5個(gè)變量之間的相關(guān)矩陣顯示這些評(píng)估方法之間存在弱但顯著的相關(guān)性，且根據(jù)HE染色估算的TIL評(píng)分與淋系評(píng)分的相關(guān)性比與髓系評(píng)分的相關(guān)性高（圖1D）。上述結(jié)果提示基于基因signature的TIL評(píng)分是一種可以用來(lái)估計(jì)TCGA泛癌隊(duì)列中淋系和髓系兩種細(xì)胞含量的方法，而根據(jù)HE染色估算的TIL評(píng)分以及基于甲基化情況計(jì)算的白細(xì)胞評(píng)分可能更適合于研究淋系細(xì)胞的富集而非整體的免疫浸潤(rùn)情況。

圖1．A，B，C．TIL評(píng)分、淋系和髓系評(píng)分在TCGA泛癌隊(duì)列中的情況（數(shù)據(jù)經(jīng)過(guò)標(biāo)準(zhǔn)化）；圖1D．基于HE染色的TIL評(píng)分、淋系評(píng)分、髓系評(píng)分、基于基因signature的TIL評(píng)分以及白細(xì)胞評(píng)分之間的相關(guān)情況