ChIP+SIM看減數(shù)分裂過(guò)程中的RPA、RAD51、DMC1
SIM做的很嚴(yán)謹(jǐn),還互換了熒光標(biāo)記又做了一遍
DMC1、RAD51看的差不多了,開始看RPA,在DSB初期RPA結(jié)合到DNA斷開處露出的單鏈DNA上,而后會(huì)被DMC1、RAD51取代(這兩個(gè)家伙介導(dǎo)單鏈DNA入侵同源雙鏈),進(jìn)一步審視ChIP-seq數(shù)據(jù)發(fā)現(xiàn)RPA覆蓋的區(qū)域恰好是DMC1和RAD51的總和 – 和已經(jīng)報(bào)道的結(jié)果一致
RPA會(huì)被DMC1、RAD51取代,這沒問題(以往的報(bào)道、作者的結(jié)果都說(shuō)明了這一點(diǎn)),但被取代后RPA是否還會(huì)在DNA上待著并不清楚,作者比較了雄性小鼠常染色體及性染色體中的X染色體(Y比X短一截,因此X染色體有一部分可以說(shuō)缺乏可以配對(duì)的同源染色體),可見,在X染色體上DMC1、RAD51隨損傷增加密度都增加,且增速高于常染色體,但RPA增速卻低于常染色體,暗示修復(fù)模板上存在RPA,X染色體因?yàn)橛幸徊糠秩狈ε鋵?duì)的修復(fù)模板,造成RPA密度低了下來(lái)(前面的數(shù)據(jù)也看到了修復(fù)模板鏈上存在RPA)
作者從ChIP-seq數(shù)據(jù)中還發(fā)現(xiàn)RPA、DMC1、RAD51在損傷的DNA兩條單鏈上分布并不等量
RPA會(huì)結(jié)合損傷模板,看損傷鏈DMC1、RAD51和修復(fù)模板鏈RPA的關(guān)系,發(fā)現(xiàn)DMC1峰對(duì)應(yīng)RPA峰,都在損傷位點(diǎn)附近,而RAD51分布在離損傷位點(diǎn)較遠(yuǎn)的地方,且對(duì)應(yīng)的模板鏈上幾乎沒用RPA分布
最后來(lái)個(gè)模式圖:DMC1結(jié)合在靠近損傷的位置,RAD51挨著DMC1,兩者一起介導(dǎo)損傷鏈入侵同源模板鏈,同源模板鏈處有RPA結(jié)合穩(wěn)定同源介導(dǎo)修復(fù)中間體
挺好玩的一篇文章,把具備堿基分辨率的ChIP-seq技術(shù)和SIM超分辨技術(shù)一起使用,追蹤一個(gè)經(jīng)典的細(xì)胞行為 - DNA損傷修復(fù),復(fù)現(xiàn)前人結(jié)論,呈現(xiàn)一下觀察到的現(xiàn)象……
Anjali Gupta Hinch, Philipp W. Becker, Tao Li, et al. The Configuration of RPA, RAD51, andDMC1Binding in Meiosis Reveals the Nature of Critical Recombination Intermediates [J]. Molecular Cell , August 20, 2020.
此次文章交流會(huì)
主題:CNS前沿文獻(xiàn)追蹤 – 病毒衣殼在細(xì)菌內(nèi)部的運(yùn)動(dòng)模式
時(shí)間:9月17日 周四 19:00 - 20:00
主講人:于博士
參考文獻(xiàn):
Kate McArthur, Lachlan W. Whitehead, JohnM. Heddleston, Lucy Li, et al. BAK/BAX macropores facilitate mitochondrialherniation and mtDNA efflux during apoptosis.[J]. Science, 23 February 2018.
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